(a) Nombre de sujets : l'utilisateur doit savoir que pour effectuer une analyse factorielle il faut un échantillon suffisamment important de façon à avoir de bonnes estimations des corrélations entre variables, c'est à dire des estimations les plus proches possibles des valeurs réelles des corrélations si celles-ci étaient effectuées sur toute la population de référence. Le nombre de variables que l'on peut soumettre à l'analyse factorielle détermine aussi la taille de l'échantillon. Il doit y avoir au moins 5 à 10 fois plus de sujets que de variables (Gorsuch, 1974).
(b) Choix des variables : Les facilités qu'apportent l'informatique conduisent souvent l'apprenti chercheur ou le chercheur à multiplier les variables en espérant en savoir d'autant plus. Ceci conduit le plus souvent à des structures de facteurs incompréhensibles, d'autant plus que l'interprétation relève aussi de notre connaissance de chaque variable. Comme pour toute méthode de recherche, des hypothèses explicites doivent guider le choix des variables et il y a peu de sens à faire des analyses factorielles sur n'importe quel ensemble d'observations.
(c) Interprétation des facteurs : les problèmes posés par l'interprétation des facteurs concernent d'une part, leur signification (activité d'interprétation) et, d'autre part le degré de généralité de ces facteurs. Du point de vue formel, on peut toujours trouver plusieurs systèmes de facteurs pour le même ensemble de données, et les facteurs ne sont donc que des entités mathématiques. Néanmoins, même si différentes condensations des mesures sont possibles, le psychologue ne pourra pas, dans le cadre d'une démarche scientifique, démontrer ou faire apparaître n'importe quel système de facteurs. Un certain nombre d'hypothèses doivent être à la base d'une démarche factorielle : choix des variables, choix des sujets, choix de la technique d'analyse, choix du type de rotations éventuelles, etc. Ces précautions sont parfois oubliées.
Pour une présentation et une utilisation de l'analyse factorielle cf. l'article de Beavers et col. en 2013. accessible en ligne : http://www.pareonline.net/getvn.asp?v=18&n=6